Wanneer de bessen zijn geplukt, moet het verwerken zo snel mogelijk beginnen om zo het bederven van de vrucht tegen te gaan. Afhankelijk van de locatie en de lokale voorzieningen, is koffie verwerkt op één van de volgende manieren:
De droge methode: de eeuwenoude methode van het verwerken van koffiebonen wordt nog steeds gebruikt op plekken waar watervoorzieningen schaars zijn. De vers geplukte bessen worden simpelweg verspreid op een groot oppervlak om te drogen in de zon. Om te voorkomen dat de bessen bederven, worden ze de hele dag door omgedraaid met een hark. ’s Nachts of wanneer het regent worden ze bedekt tegen vocht. Afhankelijk van het weer wordt dit proces soms verscheidene weken uitgevoerd voor elke partij koffie totdat de hoeveelheid vocht dat is overgebleven in de bessen 11% heeft bereikt.
De natte methode: bij deze methode wordt het vruchtvlees verwijderd van de koffiebes na het oogsten, zodat de boon gedroogd kan worden. Als eerste worden de zojuist geoogste bessen door een zogeheten ‘pulper’ machine om de schil en het vruchtvlees te scheiden.
Daarna worden de bonen gesorteerd op gewicht wanneer ze door water kanalen passeren. De lichtere bonen drijven naar boven en de zwaardere rijpe bonen zinken naar de bodem. Vervolgens gaan ze door een reeks draaiende trommels die ze op grootte sorteert.
Na het sorteren worden de bonen in een grote, water gevulde vergisting-tank gegooid. Afhankelijk van een aantal factoren zoals de staat van de bonen, het klimaat en de hoogte, blijven de bonen in deze tanks tussen de 12 en 48 uur. Dit om de gladde slijmlaag te verwijderen die nog aan de hoornschil vast zit. Door in deze tank te blijven, zorgen natuurlijke enzymen er voor dat deze laag oplost.
Wanneer het vergisten klaar is voelen de bonen ruw aan. De bonen worden gespoeld als ze door een aantal extra water kanalen gaan, waarna ze vervolgens klaar zijn om te drogen.